1) Не работают напоминания (Reminder...).
Захожу в: Вид > Напоминания... открывается пустое окно «Данные напоминаний», без перечня заметок в которые добавил напоминание.
Хотя перед этим в нескольких заметках добавлял опцию Напоминание... (как одиночное так и с повторением), как через свойства, так и через меню - Дерево заметок > Напоминание...
Примечание, напоминания работают на более старых портативных версиях MyNotes Keeper - 3.9.6, 3.9.5, вашей 3.9.4 b(2219).
2) Не отображается в экспортированном формате RTF цвет, который маркером выделил шрифт, а также, вставленное в текст изображение.
Создал чистый файл-базу и в заметке написал текст кириллицей и латиницей, сделал разное форматирование текста но в разных предложениях (жирным, косым, подчеркнутым, красный шрифт, желтый фон/маркер шрифта). Далее, решил добавить картинку. Открыл в Paint файл-картинку PNG (размером 27 КБ), скопировал изображение в буфер, перешел в MyNotes Keeper и вставил после текста в новом абзаце (из буфера обмена) изображение, оно появилось в заметке. Далее ниже в новом абзаце написал «вставляю изображение как Рисунок», и теперь через меню Вставить>Вставить Рисунок... , выбрал в проводнике тот самый файл PNG (27 КБ), изображение вставилось (видно в заметке).
Далее выбираю Файл> Экспорт> Экспортировать в файл - RTF (заметку). Открыл файл WordPad'ом, в тексте выделенном маркером - нет желтого цвета, также из 2-х одинаковых картинок, видно первую, вставленную через буфер обмена (а не через Рисунок...).
Примечание, попробовал просмотреть этот файл RTF в старом Microsoft Office Word 2003 все маркировки и обе картинки видно хорошо. Также просмотрел в файловом менеджере Total Commander (сборка) через Lister (ulister), то оба изображения видно, хотя желтый цвет от маркера также не видно.
3) Не отображается в PDF кириллицей такой шрифт как "Impact", хотя надпись латынью видно (обнаружил случайно), может есть проблемы и с другими шрифтами.
4) Не работает опция Файл> Экспорт> Создать электронную книгу в браузере - возникает ошибка «The specified path was not found.», результата нет.
Относительно экспортирования заметки в формате EPUB (не использую), то файл надо открывать специализированным просмотрщиком например Sumatra PDF (потому что мой любимый легкий старый STDU Viewer 1.6.375 открыл, картинки обе увидел, латынь показал, а с кириллицей не справился и с форматированием текста).
Можна сделать универсальную электронную книгу EXE, но размер заметки +12МБ.